El poblado de Bocoyna fue fundado en el año 1702 por los misioneros de la Compañía de Jesús con el nombre de Nuestra Señora de Guadalupe de Bocoyna, en honor a la virgen de Guadalupe y al arroyo que pasa por el lugar. La región fue una dependencia de Sisoguichi hasta octubre de 1886, año en que perdió su categoría de municipio y pasó a formar parte de Carichi, y por decreto el 20 de noviembre de 1911 se elevó al rango de municipio.