El municipio de Bocoyna dentro del cual se ubica el poblado de San Juanito, es atravesado por la divisoria continental, que es una línea que separa las cuencas hidrológicas de los ríos que desembocan en el océano pacífico y los que desembocan en el océano atlántico. En otras palabra, lo que llueve de un lado de la linea divisoria continental se va para el océano pacífico, por el contrario lo que llueve del otro lado de la linea desemboca en el océano atlántico. En el territorio de Bocoyna nace el más importante río del estado de Chihuahua, el Río Conchos, perteneciente a la vertiente del Atlántico; así como el Río Papigochi, que posteriormente se convierte en el Río Yaqui en el estado de Sonora perteneciendo este a la Vertiente del Pacífico, además en su territorio se encuentra el mundialmente famoso lago de arareko